Así que la única solución que quedaba era traducir esas urls a html en el servicio de negocio (Java), con la problemática de tener que detectarlas y además distinguir si esas urls ya formaban parte de un código html bien formado, o si estaban repetidas.

Es decir que si en el editor se escribe:

http://www.treelogic.com

La función nos devolvería el código html para que se represente como un enlace:

http://www.treelogic.com

En cambio, con el siguiente código, no debería alterar nada, pues las urls pertenecen a html bien formado:

http://www.google.es

Tras mucho buscar, y ver que todas las soluciones se referían sólo al problema de identificar una url en un string, encontré una gran ayuda en la documentación de la clase Pattern y en concreto el apartado de Special constructs (non-capturing), para poder ignorar las urls que ya forman parte de código html válido.

La función en cuestión:

	/**
	 * Finds all URLs in a given String and converts them to the html link code
	 * ignoring the urls used in existing html code.
	 *
	 * @param content
	 * @return content
	 * @author Alberto Calderón Queimadelos
	 */
	public String convertUrlsToLinks(String content) {
		Pattern URLPattern = Pattern.compile("(?<!=\")(https?|ftp|file)://[-a-" +
				"zA-Z0-9+&@#/%?=~_|!:,.;]*[-a-zA-Z0-9+&@#/%=~_| ](?=<)(?!</a>)");
		Matcher linkMatcher = URLPattern.matcher(content);
		String subString;
		while (linkMatcher.find()) {
			subString = content.substring(linkMatcher.start(),linkMatcher.end());
			content=linkMatcher.replaceFirst(" <a href=\"" + subString + "\" " +
				"target=\"_blank\">" + subString + "</a> ");
			linkMatcher = URLPattern.matcher(content);
		}
		return content;
	}

La expresión regular explicada:

• (?<!=\”) Se ignoran todas las urls que comiencen con un =”, para evitar todas las que se usen en un src=”", href=”", img=”", value=”", data=”" ó codebase=”"
• (https?|ftp|file) Las urls pueden comenzar por http, https, ftp o file.
• ://[-a-zA-Z0-9+&@#/%?=~_|!:,.;]*[-a-zA-Z0-9+&@#/%=~_| ] El patrón principal de la url.
• (?=<) Si terminan en < no lo cogemos como parte de la url, pues podría ser un </p>, <br />, etc…
• (?!</a>) Además ignora todas las que terminen en </a> para evitar las que formen parte de un enlace.